Covid, Biogem sequenzia i genomi dei positivi di Avellino e Benevento: pubblicato lo studio

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Sequenziamento genomico positivi di Avellino-Benevento, Biogem pubblica lo studio “Genomic characterization of the emerging SARS-CoV-2 lineage in two districts of Campania (Italy) using Next generation sequencing” sulla rivista Frontiers in Virology.

Un team di ricercatori del centro di ricerca di Ariano Irpino, guidato dal professore Michele Caraglia, ha identificato dieci ceppi di SARS-CoV2 mediante il sequenziamento dell’intero genoma virale nel periodo gennaio-maggio 2021, nei distretti di Avellino e Benevento. Nonostante la straordinaria velocità nello sviluppo di vaccini contro il covid e pur con sforzi di vaccinazione di massa nel mondo, l’emergere di queste varianti compromette i progressi registrati nella guerra al virus.

Il sequenziamento dell’intero genoma (WGS) svolge un ruolo cruciale nella comprensione della malattia, e l’utilizzo, da parte di Biogem, di un algoritmo chiamato Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINEages (Pangolin) è particolarmente utile per le indagini, definendo un cluster filogenetico. Sulla base dell’aggiornamento epidemiologico OMS del giugno 2021, quattro diverse varianti principali di SARS-CoV-2 erano state identificate dall’inizio della pandemia: Alpha (B.1.1.7), descritta nel Regno Unito (UK) a fine dicembre 2020; Beta (B.1.351), identificata per la prima volta in Sud Africa nel dicembre 2020; Gamma (P.1), comparsa in Brasile all’inizio di gennaio 2021; Delta (B.1.617.2), rilevata in India nel dicembre 2020.

Lo studio ha consentito di individuare la sequenza completa del genoma virale nel SARS-CoV-2, a partire da 101 casi, tra i contagiati nei distretti di Avellino e Benevento. All’inizio dell’epidemia (gennaio e febbraio 2021), la variante Alpha era presente nel 62% dei 35 campioni analizzati nel Beneventano, mentre questo ceppo compare ad Avellino solo in un secondo momento (da marzo a maggio) nel 64% dei 36 campioni analizzati.

La diffusione della variante Gamma, sempre nel periodo marzo-maggio 2021, è stata invece registrata in tutti i distretti con le stesse frequenze (circa il 21%). Sono state inoltre identificate 219 mutazioni missenso (sostituzione di una base azotata nel filamento di DNA) ‘note’ con differenti frequenze (114 in ORF 1a/1b; 12 in ORF 3a; 29 in S; 5 in M; 29 in N; e 5 ciascuna in ORF7a e ORF8).

“I risultati ottenuti – spiegano da Biogem – rivelano, per i mesi presi in considerazione dallo studio, la rapida diffusione in Campania di nuove varianti, e suggeriscono di sorvegliare con attenzione l’insorgenza delle varie mutazioni genetiche di SARS-CoV-2”.