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Cresciuto nell’Atletico Catania, all’Avellino approda nella stagione 2003-2004 (Serie B) alla corte di Zdenek Zeman.
Con gli irpini ha realizzato 3 gol nella fase iniziale del suo primo campionato, prima di infortunarsi e chiudere la stagione anzitempo. Dopo la retrocessione in C1, anche grazie a Millesi gli irpini riuscirono subito a risalire la china, battendo nella finale play-off il Napoli (0-0 a Napoli, 2-1 al Partenio) e riuscendo a ritornare in Serie B. Il successivo anno la nuova retrocessione in C1 con i lupi.